چاه عمیق با دستگاه‌هـای مکانیکی حفر میشود. عموماً قسمت آبده آن بیش از پنجاه متر از سطح ایستایی آب پایین میرود. چاه عمیق ممکن است از چندین لـایه آبدار بگذرد؛ به طوری که لوله‌های فلزی مشبک منصوب در آن که از لـایه‌هـای مختلف میگذرد، می تواند از همه ذخائر آب لـایه‌هـا استفاده کند. با آغاز پمپاژ و استخراج آب از چاه، سطح آب زیرزمینی حفاری چاه عمیق در اطراف چاه به تدریج پایین رفته، فرورفتگی مخروطی شکلی در سطح ایستایی آب اطراف چاه ایجاد میشود. بر اثر پایین رفتن سطح آب در اطراف چاه، جریان طبیعی آب زیرزمینی تغییر کرده و آب اطراف و نقاط دورتر با سرعتی بیشتر به سمت چاه جریان یافته و یک مخروط افت ایجاد میشود. از آنجا که چاه‌هـای عمیق درعمق زیاد در سفره‌هـای آب زیرزمینی حفر میشوند، ترسالی و خشکسالی تأثیر فوری بر آبدهی حفاری چاه عمیق آنها ندارد. اما بهره برداری از تعداد زیادی چاه عمیق در یک حفاری چاه عمیق دشت با مکش بیش از حد آب از اعماق زیاد، میتواند نهایتاً منجر به افت شدید سطح عمومی سفره آب در آن دشت شود. این پدیده باعث کاهش آبدهی عمومـ چاه‌هـا و خشکیدن قنوات احداث حفاری چاه عمیق شده در آن سفره آبی خواهد شد. همین ویژگی منفی چاه‌هـای حفاری چاه عمیق عمیق ضمن آنکه میتواند موجب توسعه کشاورزی در کوتاه مدت شود، عامل اصلی بروز تنش و دعوا بین بهره برداران یک سفره آبی و حتی بین نسل‌هـای متوالی آنها میباشد.
به دلیل برداشت محدود آب از چاه‌هـای دستی حفاری چاه و وجود بیابان‌هـای پهناور، تکنیک استفاده از قنات در فرهنگ کشاورزی ایران به وجود آمد. قنات که توسط مقنیان ایرانی اختراع شده هزاران حفاری چاه عمیق سال قدمت دارد. تاریخ قنات به طور مشخص به دوره ایران باستان بر میگردد. با وجود اینکه چندین هزار سال از اختراع آن میگذرد، هنوز همـ این روش استحصال آب در بخش‌هـای وسیعی از کشور معمول و متداول است. تا قبل از حفاری چاه عمیق ورود تکنولوژی حفر چاه عمیق به کشور، قنات رکن اصلی کشت و زرع در نواحی حفاری چاه عمیق خشک را تشکیل داده و زیربنای فرهنگ شهرنشینی در فلـات مرکزی ایران به شمار میرفت.قاعده عرفی مهمی که میبایست در حفر حفاری چاه عمیق قنات همواره به آن توجه میشد، وجود فاصله کافی در طول تران بین رشته قنوات مجاور بود. حق و عدالت اقتضاء میکرد که اگر کسی قناتی احداث کرد برای آنکه بتواند از آبی که استحصال شده استفاده مطلوب را در حال و آینده ببرد، نباید دیگران قنات دیگری در نزدیکی تران یا حفاری چاه عمیق مسیر حفاری چاه پیشرفت قنات او حفر کنند تا موجب نقصان آب و ضرر و زیان او شوند. این مقدار فاصله را در اصطلـاح شرعی و عرفی "حریم" مینامند. روایات و تفاسیر بسیاری در شرع مقدس اسلـامـ وجود دارد حفاری چاه عمیق که مبنای تعیین مقدار حریمـ را قاعده "لـا ضَرَر" بیان میکند.
چاه‌هـای عمیق و نیمه عمیق موتوری. حفاری چاه عمیق این چاه‌هـا در ایران، بعد از جنگ جهانی دومـ ابتدا در شهرها و سپس برای آبیاری کشاورزی و باغهای مجاور شهرها احداث شدند. با تأسیس نخستین شرکت ایرانی برای حفر چاه‌هـای ژرف در کشور توسط اسفندیار یگانگی در سال‌های 25-1324 دوران حفاری چاه عمیق بهره گیری از آب‌های زیرزمینی بوسیله چاه‌هـای عمیق در کشور آغاز شد.رشد سریع جمعیت در صده اخیر، در کنار پیشرفت‌هـای تکنولوژیک منجر به گسترش و تنوع کشاورزی، مدرن شدن شیوه‌هـای تولید، پیدایش ادوات کشاورزی پیشرفته و نیاز و انگیزه بیشتر حفاری چاه عمیق برای افزایش سطح زیر کشت شد. از طرفی، امکان حفر چاه‌هـای عمیق در مدت زمان تنها چند روز و با حفاری چاه صرف هزینه ناچیز در قیاس با شیوه سنتی احداث قنات، انگیزه مضاعفی را جهت افزایش سریع و قارچ گونه چاه‌هـای عمیق به منظور تأمین حفاری چاه عمیق نیاز آبی کشاورزی رو به گسترش بوجود آورد. میزان روزافزون یارانه‌هـای انرژی نیز در این رقابت ناعادلـانه قطعاً مؤثر بود. نتیجتاً، حفر چاه‌هـای عمیق و نیمه عمیق در ایران به ویژه از دهه 1340 به بعد گسترش روز افزون حفاری چاه عمیق یافت و در نیمه دومـ دهه 1350 به اوج خود رسید.
با افزایش حفر چاه‌هـای عمیق، مشکلـات و دعاوی بسیاری بر سر حفر چاه‌هـا و نقصان آب حفاری چاه عمیق قنوات به وجود آمد. مردمـ، به عادت گذشته، جهت حل اختلـافات مربوط به حریمـ به حَکَمـ‌هـا و کارشناسانی خبره در امر قنوات مراجعه میکردند و آنها همـ با همان احکامـ حفاری چاه عمیق و قوانین حریمـ قنوات و چاه دستی، بین آنها حُکمـ میکردند. به دلیل اینکه این کارشناسان آگاهی جامعی از تأثیراتی که چاه‌هـای عمیق بر روی قنوات و سفره‌هـای آب زیرزمینی حتی در نواحی دوردست میگذاشتند نداشتند حفاری چاه عمیق ، اصولـاً احکامـ صادره منجر به ضرر صاحبان قنوات میشد و این باعث به وجود آمدن در گیری‌هـا و زد و خوردهای بسیار شد. با برداشت بیرویه آب از چاه‌هـای عمیق و بروز مشکلـات فراوان در زمینه حریمـ و وضعیتی حفاری چاه عمیق که برای سفره‌هـای آب زیرزمینی به وجود آمد، معتمدین محلی حفاری چاه و دادگاه‌هـا دیگر بر اساس رویه عرفی و قانون مدنی از پس دعواها بر نمی آمدند. در پی این اوضاع، قانونگذار بر آن شد تا به فکر یک حفاری چاه عمیق سازوکار جدید برای مدیریت حریمـ منابع آب زیرزمینی باشد. در سال 1345 "قانون حفظ و حراست از آب‌هـای زیرزمینی" وضع و مطابق آن حفر چاه موکول به کسب اجازه از وزارت حفاری چاه عمیق آب و برق شد. در واقع از آن تاریخ به بعد حفر چاه صرفاً میبایست با اجازه دولت صورت میگرفت.
ر حال حاضر وضعیت سفره‌هـای آب زیرزمینی حفاری چاه در اغلب مناطق کشور از ارومیه گرفته تا حوضه زاینده رود و استان‌هـای فارس و خراسان و یزد و کرمان ناگوار و نگران کننده است. حقوق افراد زیادی که خود و یا نیاکان آنها ابتدا مبادرت به حفر قنات و چاه حفاری چاه عمیق و سرمایه گذاری در امر کشاورزی کرده بودند و به حکمـ شرع و قانون میبایست از حقوق آنها حمایت میشد پایمال شده و ضررهای بسیار و حتی جبران ناپذیری به آنان وارد آمده است.